Light Novel ini bercerita tentang Aisa Tenma yang maju dalam pencalonan Ketua OSIS sekolah Kimifu Gakuin. Kimifu Gakuin adalah sekolah asrama dengan sistem kasta yang ketat dengan memisahkan kelas para siswa tergantung perlakuan mereka di sekolah.   Ada kelas platinum sebagai kasta tertinggi, kelas emas, kelas perak, hingga kelas perunggu yang paling rendah.

Aisa Tenma siswi dari kelas platinum yang mencalonkan diri sebagai Ketua OSIS adalah kandidat terkuat untuk menang. Dikarenakan saat pencalonan, Aisa Tenma mempunyai kinerja yang bagus dan track record memuaskan.   Setelah terpilih menjadi Ketua OSIS, Aisa Tenma langsung mendeklarasikan dirinya bukan sebagai Ketua OSIS, tetapi sebagai Khalifah. Khalifah sendiri adalah seorang pemimpin umat Islam dari sistem pemerintahan yang ada dalam Islam, yaitu Khilafah. Setelah dia mendeklarasikan diri sebagai Khalifah, Aisa juga mengatakan dirinya sebagai Khalifah adalah agen Allah dan penerus dari Nabi Allah di muka bumi.   Taruha Tenma, sang kakak dari Aisa Tenma yang berada di kelas perunggu berpikir bahwa saudari perempuannya tidak bisa menjadi khalifah. Dikarenakan berdasarkan pengetahuannya posisi khalifah hanya bisa diduduki dari kaum laki-laki.  

Penulis dari Light Novel ini adalah Hasan Ko Nakata, yang merupakan seorang Ulama di Jepang.  Ia adalah sarjana Hukum Islam yang telah mempublikasikan banyak buku tentang ajaran Islam.    Nakata mulai tertarik terhadap karya light novel dan anime karena pengaruh dari murid-muridnya. Nakata, yang antusias menciptakan karyanya ini untuk kaum muda, muncul dengan ide menulis light novel ketimbang membuat Manga atau video gim yang ongkos produksinya lebih mahal.  

  Judul dari light novel My Sister Can’t Be Caliphate atau Ore no imōto ga karifuna wake ga nai! terinspirasi dari seri light novel My Little Sister Can’t Be This Cute atau Ore no Imōto ga Konna ni Kawaii Wake ga Nai.    Selain versi Bahasa Jepang, Light Novel ini direncanakan diterbitkan ke dalam Bahasa Indonesia, Arab dan Turki.